प्रोटीन बनाने वाले अणुओं को पॉलीपेप्टाइड्स कहा जाता है। ये कम से कम दस एमिनो एसिड (एक प्रकार के कार्बनिक प्रकार के अणु) से बने पेप्टाइड हैं।
प्रोटीन में, अमीनो एसिड के आदेश का अध्ययन किया गया है और कुछ नियमों को पूरा करता है। परंपरागत रूप से, पॉलीपेप्टाइड श्रृंखला के एन-टर्मिनस (एमिनो टर्मिनल NH3 +) को अनुक्रम के बाईं ओर लिखा जाना चाहिए; इसलिए, सी-टर्मिनल (या कार्बोक्सिल समूह) को इसके दाईं ओर लिखा जाना चाहिए। किसी भी दिए गए अनुक्रम को उसके एन-टर्मिनस से उसके सी-टर्मिनस तक पढ़ा जाना चाहिए।प्रकृति में, एंजाइम जो पेप्टाइड बॉन्ड बनाता है (एक अमीनो एसिड के एक कार्बोक्जिलिक समूह और दूसरे के एक एमिनो के बीच, और प्रोटीन और पेप्टाइड्स को बांधने वाला बंधन का प्रकार) राइबोसोम है ; इसमें, पिछले पैराग्राफ में बताए गए अधिवेशन की व्याख्या है, क्योंकि चेन की वृद्धि टर्मिनल कार्बोक्सिल में एक एमिनो एसिड जोड़कर होती है, ताकि पहला छोर जो उभरता है वह एन-टर्मिनल है।
एक अणु में पाए जाने वाले आयने योग्य समूहों की गुणवत्ता और मात्रा के अनुसार एक पेप्टाइड या प्रोटीन की विशेषताएं भिन्न होती हैं। साथ ही मुक्त अमीनो एसिड, पेप्टाइड और प्रोटीन में आइसोइलेक्ट्रिक पीएच (पीएल) और अनुमापन घटता है; इसके अलावा, इसका पीएच एक विद्युत क्षेत्र में भिन्न नहीं होता है।
एक पॉलीपेप्टाइड का नाम देने के लिए, इन- इनो (जैसे एस्पार्टिक), इनान (जैसे ट्रिप्टोफैन) और -ina (जैसे ग्लिसिन) को समाप्त करने वाले अमीनो एसिड के प्रत्ययों को -il में बदलना होगा इस नियम का एकमात्र अपवाद टर्मिनल कार्बोक्सिल के साथ दिया गया है। एक उदाहरण का हवाला देते हुए, पेप्टाइड बॉन्ड के माध्यम से डिपलेटाइड वैलीलैनाइन प्राप्त करने के लिए हम वेलिन और अलैनिन से शुरू करते हैं; दूसरी ओर, वेलिलग्लिसिल्यूकिन एक ट्राइपेप्टाइड है जो एन-टर्मिनल स्थिति, एक ग्लाइसिन और सी-टर्मिनल ल्यूसीन में एक घाटी के साथ बनता है।
जीआईपी या गैस्ट्रिक इनहिबिटरी पॉलीपेप्टाइड हार्मोन सेक्रेटिन के परिवार से संबंधित है, एक प्रकार के अणु, जिन्हें क्रेटीन कहा जाता है, जो भोजन को प्राप्त करने के भंडारण के लिए शरीर को तैयार करने का कार्य करता है। इसकी खोज 1920 के दशक में हुई थी और शुरू में यह माना गया था कि यह एसिड के खिलाफ छोटी आंत की रक्षा के लिए जिम्मेदार था, हालांकि वर्तमान में यह माना जाता है कि इसका कार्य इंसुलिन स्राव को प्रोत्साहित करना है।